1. 宮中檔奏摺－主要為清代文武官員向皇帝報告公私事務的奏摺原件，內含康熙、雍正、乾隆、嘉慶、道光、咸豐、同治、光緒等朝之滿、漢文奏摺，計158,614件。
2. 軍機處檔摺件－主要包含自乾隆、嘉慶、道光、咸豐、同治、光緒至宣統等朝官員或相關衙門機構之奏摺抄件、附件、附圖、清單、清冊、咨文及在京官員直接歸入軍機處檔案之摺件等，計190,889件。
3. 軍機處檔冊－為軍機處官員抄存機關內部各式文書編輯裝釘而成之檔冊。依內容可分為（1）目錄類檔冊，如隨手登記檔、發繕摺件檔、交發檔等；（2）諭旨類檔冊，如上諭檔、寄信檔（含廷寄、剿捕廷寄）等，收錄清代皇帝對官員的指示紀錄；（3）專案類檔冊，帶有主題性抄錄而成的檔冊，如邊陲用兵為主題的邊備夷情檔、緬檔、安南檔、廓爾喀檔；鎮壓地方動亂主題的東案檔、林案供詞檔、川陝楚善後事宜檔、剿捕檔等；以及對國內少數民族用兵為主題的金川檔、苗匪檔、剿捕逆回檔等；（4）奏事類檔冊，如奏摺檔、議覆檔及月摺檔等，內容屬於抄錄議奏的檔冊；（5）記事類檔冊，屬於辦理事務內容之抄錄檔冊，如密記檔、引見檔；以及（6）文移電報類檔冊，如文移檔、收發電檔、各省電稿等，以上六類共包含56種檔冊，計6,218冊。
4. 內閣部院檔－為內閣六部辦理事務的檔案資料，內容有清代歷朝詔書、國書、外紀檔、絲綸簿、軍機檔、各科史書、實錄館調取現月檔收發簿、大清會典兵部稿本、御覽黃冊及滿文原檔（又稱舊滿洲檔）等，計2,027冊。
5.史館檔－內含紀、志、表、傳四大類。（1）院藏清代歷朝皇帝本紀（滿漢文本）稿本及黃綾定本共１,293冊；（2）專題性質的志書，包括天文志、災異志、時憲志、地理志、禮志、樂志、輿服志、儀衛志、選舉志、職官志、食貨志、河渠志、兵志、刑法志、藝文志、邦交志、國語志，計5,242冊；（3）清代王公大臣職官年表及表包，共1,039冊；（4）清代國史館或民初清史館本編纂之人物傳記稿本、傳包及長編總檔、總冊等，共15,397冊。
6. 雜檔－此類檔案內容繁雜，如清聖祖與羅馬使節關係文書、清高宗致荷蘭國王書信及賞物單、復辟文證、（錫良）電稿及奏稿、收照存根、大庫庫書檔等49種，計506冊（件）。
上述檔案，本院將以「件」為內容詮釋單位進行建置，其中「宮中檔奏摺」、「軍機處檔摺件」、史館檔之「傳稿」、「傳包」等類，總計約36萬餘件業已完成，目前正加緊進行軍機處檔冊及內閣部院檔部分之進行。
1. 聖訓，為清代太祖、太宗、世祖、聖祖與高宗五朝皇帝聖訓之稿本，計41冊。
2. 奏議，為清代歷朝官員向皇帝建議奏陳事務的奏議抄件，自順治朝下迄清末光緒年間，共計1,468冊。
3. 清代實錄，典藏清太祖天命至清穆宗同治末年實錄，內包含漢文本2,956冊、滿文本1,385冊、蒙文本33冊，各文本所藏朝代年分不一，總計4,374冊。
4. 起居注冊，紀錄清代皇帝公務生活與言行之官方文獻，內含康熙朝至光緒朝漢文本起居注冊3,677冊、滿文本起居注冊4,109冊，共計7,786冊。
5. 欽定剿捕三省邪匪方略，採紀事本末體，內容收錄清代嘉慶年間川楚陝三省爆發白蓮教動亂期間，清廷方面之軍事活動與動亂平定經過，全書分正編、續編及附編，計88冊。
6. 國榷，清初談遷（1594-1658）撰，為編年體史書，內容收錄明太祖建國至清初順治二年清兵攻陷南京止，全書104卷。院藏《國榷》為清史館抄本，存卷2至卷80，共79冊。
7. 夷務始末記，本書為記錄清末中央及地方處理涉外事務的官方文獻，院藏包括清《道光朝籌辦夷務始末記》28冊、《同治朝籌辦夷務始末記》20冊及《光緒朝籌辦夷務始末記》69冊，共117冊。
8. 宣統政紀，即宣統皇帝實錄，因其宣告退位，故改稱「政紀」，全書自宣統元年至三年，計67冊。
9. 內務府現行則例，計12冊。
上述官書，依文獻類型按朝代之年、月、日分冊建置資料。
